ساختارهای ویژه میکروسکوپ های فلورسانس عبارتند از:
(1) سیستم فیلتر رنگ
بلوک فیلتر رنگی بخش مهمی از یک میکروسکوپ فلورسانس است و اجزای اصلی آن شامل یک فیلتر مانع اول برای نور تحریک، یک فیلتر مانع دوم برای نور انتشار و یک آینه تقسیم پرتو است. مدل های فیلتر رنگی و نام سازنده های مختلف اغلب متناقض هستند.
1. فیلتر نور تحریک و فیلتر نور انتشار: بر اساس ویژگی های منبع نور و رنگدانه فلورسنت، سه نوع تطبیق زیر معمولاً انتخاب می شوند تا نور تحریک را در محدوده طول موج مشخصی ارائه کنند و اجازه دهند فلورسانس برانگیخته شده توسط نمونه عبور کند و برای تصویربرداری به چشمی برسد.
تحریک UV: فیلتر نور تحریک می تواند به نور UV اجازه عبور دهد و نور مرئی بالای 400 نانومتر را از عبور جلوگیری کند. فیلتر نور انتشار مربوطه به نور آبی اجازه عبور می دهد و نور در میدان دید آبی به نظر می رسد، مانند زمانی که روی رنگ آمیزی DAPI اعمال می شود.
تحریک نور آبی: فیلتر نور تحریک می تواند به نور آبی اجازه عبور دهد و نور را از طول موج های دیگر مسدود کند. فیلتر نور انتشار مربوطه به نور سبز مانند نشانگرهای رنگ آمیزی GFP اجازه عبور می دهد.
تحریک نور سبز: فیلتر نور تحریک به نور سبز اجازه عبور می دهد و نور را از طول موج های دیگر مسدود می کند. فیلتر نور انتشار مربوطه معمولاً به نور قرمز اجازه عبور می دهد، مانند رنگ آمیزی رودامین.
2. فیلتر رنگی نیمه شفاف و نیمه بازتابنده: عملکرد آن این است که به طور کامل مانع عبور نور تحریک و بازتاب آن می شود. و نور را در محدوده طول موج مربوطه ساطع می کند. مدل آن مربوط به فیلتر نور تحریک و فیلتر نور انتشار است.
(2) عدسی شیئی و چشمی
لنزهای شیئی مختلفی را می توان اعمال کرد، اما بهتر است لنزهایی با مقیاس اضافه و کاهش انحراف رنگی انتخاب کنید، زیرا خود فلورسانس آنها بسیار کم است و عملکرد انتقال نور آنها (محدوده طول موج) برای فلورسانس مناسب است. با توجه به اینکه روشنایی فلورسانس یک تصویر در میدان میکروسکوپ با مربع نسبت دیافراگم عدسی شیئی نسبت مستقیم و با بزرگنمایی آن نسبت معکوس دارد، برای بهبود روشنایی تصاویر فلورسانس باید از عدسی شیئی با نسبت دیافراگم بزرگتر استفاده شود. مخصوصاً برای نمونه هایی با فلورسانس ناکافی، باید از یک عدسی شیئی با نسبت دیافراگم بالا و عبور نور بالا، همراه با یک چشمی با کمترین بزرگنمایی ممکن استفاده شود.
(3) سایر دستگاه های نوری
لایه بازتابنده آینه معمولاً با آلومینیوم پوشانده می شود زیرا آلومینیوم نور ماوراء بنفش و مرئی کمتری را در ناحیه آبی بنفش جذب می کند و بیش از 90٪ منعکس می شود (در حالی که نقره فقط 70٪ بازتابش دارد). به طور کلی از آینه های تخت استفاده می شود. لنز فوکوس که به طور خاص برای میکروسکوپ های فلورسانس طراحی و ساخته شده است، از شیشه کوارتز یا شیشه های دیگری ساخته شده است که نور ماوراء بنفش را منتقل می کند. دستگاه نور در حال سقوط علاوه بر داشتن عملکرد منبع نور عبوری، برای مشاهده مستقیم نمونه های مات و نیمه شفاف مانند ورقه های ضخیم، غشاهای فیلتر، کلنی های باکتری، کشت بافت و نمونه های دیگر مناسب تر است. در سالهای اخیر، انواع جدیدی از میکروسکوپهای فلورسانس با استفاده از یک دستگاه نور در حال سقوط که به عنوان میکروسکوپ فلورسانس نوری در حال سقوط شناخته میشود، ساخته شدهاند.
