دو نوع میکروسکوپ فلورسانس از نظر مسیر نوری آنها وجود دارد
1. میکروسکوپ فلورسانس انتقال: منبع نور تحریک از طریق ماده نمونه از طریق یک لنز کندانسور عبور داده می شود تا فلورسانس را تحریک کند. معمولاً از یک کلکتور میدان تاریک استفاده می شود و یک کلکتور معمولی نیز می تواند برای تنظیم آینه استفاده شود تا نور تحریک به سمت نمونه هدایت شود و دور بزند. این یک میکروسکوپ فلورسنت قدیمی است. مزیت این است که فلورسانس در بزرگنمایی کم قوی است، اما عیب آن این است که با افزایش بزرگنمایی، فلورسانس کاهش می یابد. بنابراین بهتر است مواد نمونه بزرگتر را مشاهده کنید.
2. میکروسکوپ اپی فلورسانس نوع جدیدی از میکروسکوپ فلورسانس است که در دوران مدرن توسعه یافته است. تفاوت این است که نور تحریک از عدسی شیئی به سطح نمونه می افتد، یعنی همان عدسی شیئی به عنوان کندانسور روشنایی و عدسی شیئی برای جمع آوری فلورسانس استفاده می شود. در مسیر نور، که 45 درجه از اورانیوم سبک فاصله دارد، باید یک تقسیم کننده پرتو دو رنگی اضافه شود. نور تحریک به عدسی شیئی منعکس شده و روی نمونه جمع آوری می شود. فلورسانس تولید شده توسط نمونه و نور تحریک منعکس شده توسط سطح عدسی عدسی شیئی و سطح شیشه پوششی به طور همزمان وارد عدسی شیئی می شوند و به تقسیم کننده پرتو دو رنگ برمی گردند تا نور تحریک از فلورسانس جدا شود. نور تحریک باقیمانده توسط فیلترهای مسدود کننده جذب می شود. مانند تغییر به ترکیبی از فیلترهای مختلف تحریک / تقسیم کننده پرتو دو رنگ / فیلتر مسدود کننده، می تواند نیازهای محصولات مختلف واکنش فلورسنت را برآورده کند. مزیت این نوع میکروسکوپ فلورسانس این است که نور میدان دید یکنواخت است، تصویربرداری واضح است و هر چه بزرگنمایی بیشتر باشد، فلورسانس قوی تر است.
