1. بزرگنمایی
برخلاف میکروسکوپ‌های نوری معمولی، در SEM، بزرگنمایی با کنترل اندازه ناحیه اسکن 3- کنترل می‌شود. اگر به بزرگنمایی بیشتر نیاز است، فقط یک ناحیه کوچکتر را اسکن کنید. بزرگنمایی با تقسیم ناحیه صفحه نمایش/عکس بر ناحیه اسکن به دست می آید. بنابراین، در SEM، لنز هیچ ربطی به بزرگنمایی ندارد.
2. عمق میدان
در SEM، نقاط نمونه واقع در یک ناحیه لایه کوچک در بالا و پایین صفحه کانونی به خوبی قابل فوکوس و تصویربرداری هستند. ضخامت این لایه کوچک عمق میدان نامیده می شود و معمولاً چند نانومتر ضخامت دارد، بنابراین می توان از SEM برای تصویربرداری سه بعدی از نمونه های نانومقیاس استفاده کرد.
3. حجم عمل
پرتو الکترونی نه تنها با اتم‌های سطح نمونه برهمکنش می‌کند، بلکه در واقع با اتم‌های موجود در نمونه در محدوده ضخامت معینی برهمکنش می‌کند، بنابراین یک برهمکنش "حجم" وجود دارد. ضخامت حجم عمل بسته به سیگنال متفاوت است:
Ou Ge Electronics: 0.5~2nm.
الکترونهای ثانویه: 5A، برای رساناها، λ=1 نانومتر. برای عایق ها، λ=10 نانومتر.
الکترون های پس پراکنده: 10 برابر الکترون های ثانویه.
اشعه ایکس مشخصه: مقیاس میکرون.
پیوستار پرتو ایکس: کمی بزرگتر از پرتوهای X مشخصه، همچنین در مقیاس میکرومتر.
4. فاصله کاری
فاصله کاری به فاصله عمودی از هدف تا بالاترین نقطه نمونه اشاره دارد.
اگر فاصله کاری افزایش یابد، می توان عمق میدان بیشتری را تحت شرایطی به دست آورد که سایر شرایط بدون تغییر باقی بمانند.
اگر فاصله کاری کاهش یابد، وضوح بالاتری را می توان ceteris paribus به دست آورد.
فاصله کاری معمولاً بین 5 تا 10 میلی متر است.
5. تصویربرداری
برای تصویربرداری می توان از الکترون های ثانویه و الکترون های پس پراکنده استفاده کرد، دومی به خوبی اولی نیست، بنابراین معمولاً از الکترون های ثانویه استفاده می شود.
6. تجزیه و تحلیل سطح
فرآیند تولید الکترونهای Og، پرتوهای X مشخصه، و الکترونهای پراکنده عقب همگی به خواص اتمی نمونه‌ها مرتبط هستند، بنابراین می‌توان از آنها برای تجزیه و تحلیل ترکیب استفاده کرد. با این حال، از آنجایی که پرتو الکترونی تنها می تواند به یک لایه بسیار کم عمق از سطح نمونه نفوذ کند (به حجم عمل مراجعه کنید)، فقط می تواند برای تجزیه و تحلیل سطح استفاده شود.
آنالیز مشخصه اشعه ایکس رایج ترین تحلیل سطحی است که از دو نوع آشکارساز استفاده می شود: آنالایزر طیف انرژی و آنالایزر طیف. اولی سریع است اما دقیق نیست، دومی بسیار دقیق است و می تواند وجود عناصر کمیاب را تشخیص دهد اما خیلی طول می کشد.
