میکروسکوپ های نوری و الکترونی با یکدیگر تفاوت دارند. تغییرات اصطلاحات مشابه را مقایسه کنید.
یک میکروسکوپ نوری فقط میتواند ساختارهای سلولی خاص مانند دیوارههای سلولی، کلروپلاستها، کروموزومهای نشاندار، میتوکندری، هستهها و غیره را ببیند، در حالی که یک میکروسکوپ الکترونی میتواند تمام ساختارهای سلولی را مشاهده کند. به بیان ساده، یک میکروسکوپ نوری می تواند ساختار میکروسکوپی یک سلول را نشان دهد، در حالی که یک میکروسکوپ الکترونی ممکن است ترکیب زیر میکروسکوپی آن را نشان دهد.
بزرگنمایی وجه تمایز اولیه است. مهم نیست که چقدر از زوم استفاده می شود، میکروسکوپ های نوری دارای حداکثر بزرگنمایی هستند که چشم انسان قادر به تشخیص آن نیست. y(min)=0.61*طول موج / (n*sinu) حداکثر تقریباً 1.5 است حتی اگر n*sinu در روغن غوطه ور شود، و مقادیر باقیمانده به اندازه طول موج بستگی دارد. بنابراین، بزرگنمایی بیهوده است زیرا حداکثر بزرگنمایی یک میکروسکوپ نوری حدود 1000 برابر است. از آنجایی که طول موج پرتوهای الکترونی مورد استفاده در تصویربرداری میکروسکوپ الکترونی به طور قابلتوجهی کوتاهتر از نور مرئی است، میتوانند جزئیات کوچک را شناسایی کنند و امکان بزرگنمایی تا چندین میلیون را فراهم کنند.
